土摩托在<基因VS进化论>一文中呼吁松鼠会向大众介绍进化论和基因科学，对此我十分赞赏，但文章里面有两段话我感觉可能会对读者形成误导，说一下我的看法。第一段是：
……进化论非常简单，只用几句话就可以说完。……进化论出现之后，生命科学的基石就算打好了。生物学的所有新发现都是在不断地证明进化论的正确性，尤其是基因的发现和DNA结构的发现，都可以说是被进化论预言过的。
这段给人的感觉是，达尔文以后的进化生物学是在达尔文纲领指导下的一个连续发展过程，我不这么认为。进化生物学在达尔文之后至少经历了两次革命性变化（所谓革命性，用拉卡托斯的说法，就是用改变了硬核内容的新纲领取代了旧纲领）。
第一次是孟德尔革命，孟德尔（Gregor Johann Mendel）把基因概念和孟德尔定律加入了硬核，在孟德尔被重新发现后，并经过20世纪初几十年的发展，杜布赞斯基（Theodosius Dobzhansky）等人最终在四十年代将进化生物学的新纲领表述为现代进化综合论（modern evolutionary synthesis）：
- All evolutionary phenomena can be explained in a way consistent with known genetic mechanisms and the observational evidence of naturalists.
- Evolution is gradual: small genetic changes, recombination ordered by natural selection. Discontinuities amongst species (or other taxa) are explained as originating gradually through geographical separation and extinction (not saltation).
- Selection is overwhelmingly the main mechanism of change; even slight advantages are important when continued. The object of selection is the phenotype in its surrounding environment. The role of genetic drift is equivocal; though strongly supported initially by Dobzhansky, it was downgraded later as results from ecological genetics were obtained.
- The primacy of population thinking: the genetic diversity carried in natural populations is a key factor in evolution. The strength of natural selection in the wild was greater than expected; the effect of ecological factors such as niche occupation and the significance of barriers to gene flow are all important.
- In palaeontology, the ability to explain historical observations by extrapolation from micro to macro-evolution is proposed. Historical contingency means explanations at different levels may exist. Gradualism does not mean constant rate of change.
第二次革命似乎未被学界命名，我称之为汉密尔顿-史密斯革命，威廉·唐纳德·汉密尔顿（William Donald Hamilton）
为进化理论引入了汉密尔顿法则（Hamilton's rule），该法则通俗的说就是，选择的单位是基因而非个体，即，计算遗传收益的单位是基因传播率，而非个体繁殖率；约翰·梅纳德·史密斯（John Maynard Smith）也独立获得了这一思想（虽然最初并未显明表达），并且用博弈论重建了进化理论的数学基础，其核心便是“进化策略均衡”（evolutionarily stable strategy, ESS）
，其地位相当于瓦尔拉斯均衡在经济学中的地位（而汉-史革命的地位类似于边际革命在经济学发展史中的地位）。理查德·道金斯（Richard Dawkins）在《自私的基因》一书里用通俗语言介绍了汉密尔顿-史密斯革命的成果，此后学术界内外引用汉-史纲领时，经常直接借助道金斯的术语（selfish gene）转引，科普普到这份上，算是极致了。
追随汉密尔顿-史密斯纲领的学者被称为新达尔文主义者（neo-Darwinists），他们以此纲领为基础把革命广泛扩展到动物行为学、人类行为学、社会生物学、认知心理学等多个学科，这场革命带来的冲击波远未平息，它注定要影响这些学科未来几十年的发展方向。
第二段是：
正是那些没有理解进化论的真谛，而又心怀鬼胎的人（比如希特勒），才会错误地把进化论用在社会学领域，提出了很多荒谬的论点，它们其实和进化论毫无关系。
“错误地把进化论用在社会学领域”这句话有两种语义：1）把进化论用在社会学领域，这种做法是错的；2）可以把进化论用在社会学领域，但他用得不对。
进化论当然可以并且已经广泛用在社会学领域，我预期，进化论未来几十年的进展将大部分从这方面取得。至于希特勒，他既不懂进化论，也不懂社会学，他也从未对这两个学科表现出兴趣，他无非是个失意的三流画家、沮丧的一战退伍兵和十足的流氓恶棍。